Chống phân mảnh ổ đĩa cứng là công việc thường bị người dùng lãng quên hoặc "ngại" do mất khá nhiều thời gian; nhất là trên những máy tính đời mới, cấu hình mạnh. Do đó, tự động hóa việc chống phân mảnh là cách tốt nhất để giữ ổ cứng luôn hoạt động ở trạng thái tốt nhất.

Ổ cứng phân mảnh: Trước tiên, chúng ta sẽ tìm hiểu một số khái niệm liên quan đến ổ cứng và cách thức dữ liệu được lưu trữ trên đó. Bên trong ổ cứng, các phiến đĩa xếp chồng lên nhau theo trục đứng. Mỗi phiến đĩa chia thành nhiều vòng tròn đồng tâm gọi là track. Trên các phiến đĩa, tập hợp các track ở cùng vị trí gọi là cylinder. Các cylinder bên ngoài có thể lưu trữ nhiều dữ liệu hơn vì chúng có chu vi lớn hơn. Mỗi track được chia thành nhiều đoạn nhỏ gọi là sector, các sector trên cùng 1 track kết hợp với nhau thành cluster; dữ liệu được lưu trên các cluster.

Nguyên nhân: Khi dữ liệu của tập tin được ghi, xóa trên ổ cứng hoặc thay đổi kích thước, dữ liệu được lưu vào các cluster trống (hoặc đánh dấu trống) đầu tiên. Với nhiều người dùng thích thử nghiệm, cài đặt, gỡ bỏ phần mềm liên tục, nguy cơ ổ cứng bị phân mảnh khá cao do dữ liệu nằm rải khắp nơi trên đĩa cứng. Đầu đọc phải di chuyển "vất vả” hơn để truy xuất đầy đủ dữ liệu của tập tin đó nên thời gian truy xuất chậm hơn, làm chậm tốc độ hệ thống hay thậm chí có thể gây treo máy (tạm thời) trên những hệ thống cũ, tốc độ chậm. Ngoài ra, việc lựa chọn kích thước cluster không phù hợp khi định dạng (format) phân vùng đĩa cứng cũng ảnh hưởng đến sự phân mảnh. Chẳng hạn, với kích thước cluster 8KB thì một tập tin 4KB cũng chiếm hết cluster đó, phần còn lại bị lãng phí.